De una ampliación realizada en torno al s. XVIII son el presbiterio, cuyo solado conserva la azulejería propia del momento, la cubierta que se construyó bajo los cánones de las techumbres mudéjares con la técnica de par y nudillo en vértice de cuatro aguas, el camarín de Cristo en el que se cobijaba la desaparecida imagen de San Juan Bautista y la espadaña.

Destaca el retablo principal, de un solo cuerpo sostenido por dos columnas torsas o salomónicas, y que por su estética se encuentra fechado dentro de la primera mitad del siglo XVIII.

El único vano del retablo da acceso a un espacioso camarín cubierto con cúpulas sobre pechinas, que se cobija la imagen del Santísimo Cristo de la Vera Cruz, que sin duda es la escultura más antigua y valiosa de Coria del Río, ya que esta fechada del año 1500.El aspecto estético que la escultura presenta mantiene los cánones del último momento gótico, caracterizado por un exacerbado naturalismo.